VSS je 16. 5. 2019 poslal svoje pripombe, v katerih je kot glavne izpostavil naslednje pomanjkljivosti predloga ZZRID in podal svoje predloge:
- zakon ne podaja vsebinskih definicij znanosti in javne službe, kar sovpada s tem, da so številni že pomešali raziskovalno finančno uspešnost, vladi pa otežuje upravičenje izključitve zasebnih inštitutov in fakultet iz stabilnega financiranja;
- zakon ne določa načina razdelitve dodatnega denarja v okviru "stabilnega financiranja" znotraj zavodov, kar lahko vodi v netransparentno zakoličenje položajev moči v naslednjih desetletjih;
- zakon ne naslavlja problemov s samovoljnim in izkoriščevalskim (prisvajanje avtorstev, ki reproducira reference in moč) vodenjem nekaterih (!) programskih skupin in predpostavlja, da bo pod plaščem pasovnega financiranja institucij na mikro ravni vse ostalo kot doslej;
- VSS zato predlaga, naj zakon določi tudi smernice za razdelitev denarja na univerzah, ki bi povzročile rekonstituiranje programskih skupin: denar se najprej pasovno dodeli zavodom, nato znotraj njih po raziskovalnih področjih oz. članicah in od tod posameznikom v obliki stabilne zaposlitve raziskovalcev in v obliki IRD, ob upoštevanju stanja zaposlenosti v zadnjih 5 letih, raziskovalnih dosežkov in razlik med materialnimi stroški po raziskovalnih področjih; zatem bodo posamezniki na novi podlagi materialne suverenosti na novo konstituirali programske skupine; kjer so bile te vodene korektno, se ne bo spremenilo nič, drugod bo vodenje moralo pridobiti demokratično legitimacijo;
- opozorili smo, da 63. člen omogoča drobitev začasnih pogodb o zaposlitvi in razveljavlja splošno normo ZDR-1;
- opozorili smo na probleme v zvezi s t.i. "dvojnimi plačami";
- ker je mogoče interpretirati predlog ZZRID tako, da dopušča delovanje raziskovalcev znotraj javnih raziskovalnih organizacij prek statusa s.p., smo predlagali varovalko: znotraj JRO je mogoče raziskovati le v okviru zaposlitve;
- opozorili smo na nejasnosti, kdo bo nosil breme financiranja odprtega dostopa do znanstvenih objav, in na reprodukcijo razslojevanja raziskovalcev na bogate in revne;
- predlagali smo nekoliko drugačno sestavo Razvojnega sveta, tudi s predstavnikom sindikatov iz visokega šolstva, in Komisije za etiko v znanosti.
Kasneje, po usklajevalnem sestanku z MIZŠ smo ministrstvu poslali predlog dopolnitev besedila zakona. Poleg popravkov pomanjkljivosti, na katere smo opozorili v prvem odzivu, smo:
- pripravljalce zakona opozorili na terminološke in konceptualne nedorečenosti, zlasti v 5. in 6. členu;
- v 27. in 91. členu predlagali smernice za univerze kot prejemnice stabilnega financiranja, ki naj v svojih pravilih omogočajo prehajanje raziskovalcev med programskimi skupinami skupaj s prenosom sredstev, del sredstev stabilnega financiranja pa naj porabijo za sklad, ki bo raziskovalcem lahko kril stroške dela v času med dvema projektoma in tako materialno omejil njihovo prekarnost;
- pristojnost ARRS do univerz naj bo na področju stabilnega financiranja omejena le na evalvacije;
- v 59. in 60. členu predlagali omejitev udeležbe raziskovalcev v programih in projektih ter njihovega vodenja, kadar nekdo izpolnjuje starostni pogoj za upokojitev.
Po nastopu nove vlade marca 2020 je MIZŠ nadaljevalo z usklajevanji zakona. Interesi deležnikov (brez VSS), povabljenih k usklajevanjem, so ostali isti, ministrstvo je moralo predvsem bolj upoštevati interese zasebnih fakultet, povezanih z novo vladajočo stranko. Besedilo zakona, ki je bil novembra 2021 sprejet, vključuje dva pomembna predloga VSS. Javna agencija za raziskovalno dejavnost (ARRS), ki je doslej kot paradržavna ustanova v veliki meri krojila tudi vsebino in organizacijo programskih skupin, je tako v novem osnutku omejena na vlogo evalvatorja. Zakon tudi predvideva instrumente, financirane iz sredstev stabilnega financiranja, za stabilizacijo zaposlitev raziskovalcev. Vendar MIZŠ in ostali deležniki niso prisluhnili nekaterim ključnim pripombam VSS glede vloge in delovanja agencije, starostnih omejitev pri vodenju raziskovalnih skupin, vloge predstavnikov raziskovalnih delavcev v ključnih organih in pri potrjevanju ključnih aktov, glede »odprtega dostopa« do izsledkov javno financiranih raziskav in glede določanja dvojnih plač mimo enotnega plačnega sistema. Slednje je raztrgala tudi Zakonodajno-pravna služba DZ, toda med poslanskimi skupinami ni bilo dosti posluha za opozorila, da bo to vodilo v prestrukturiranje univerz v smeri tržno financiranega aplikativnega raziskovanja, saj je bila njihova percepcija predvsem ta, da zakon daje denar znanosti.
Po njegovem sprejemu in pred začetkom usklajevanja podzakonskih aktov je VSS decembra 2021 pozval MIZŠ, ARRS in univerze, naj akte in ukrepe pripravijo tako, da bodo 1.) prednostno zaposlili raziskovalce, ki izpolnjujejo pogoje po ZDR-1, za nedoločen čas in finančno stabilizirali njihove zaposlitve, 2.) vsem pedagoškim delavcem zagotovijo IRD sredstva in 3.) zagotovili transparentno in vključujočo organiziranost programskih skupin.